Sobald sich die Vegetationszeit dem Ende neigt, kann bis zum ersten Frost Herbstpflanzung betrieben werden. Im Herbst gepflanzte Setzlinge haben den Vorteil, dass sie noch vor dem Winter ihre Wurzeln am neuen Standort etablieren und weiter ausbilden können. Sobald nach dem Winter dann die neue Wachstumsperiode beginnt, können sie sofort loswachsen und haben für die Nährstoff- und Wasseraufnahme einen kleinen Vorsprung gegenüber im Frühjahr gepflanzten Pflanzen.
Gefährlich kann es werden, wenn im Herbst zu früh gepflanzt wird. Gerade Wurzelnackte dürfen erst in die Erde, nachdem das Wachstum abgeschlossen ist und Bäume nicht mehr „im Trieb“ stehen. Ab dann ist der Nährstoff- und Wasserbedarf gering genug geworden, sodass nicht die Gefahr einer Unterversorgung der oberirdischen Pflanzenteile besteht, während die Wurzeln noch unter einem Pflanzschock leiden. Der passende Zeitpunkt hängt auch etwas vom Wetter des jeweiligen Jahres ab. Das Wurzelwachstum setzt erst später aus und dieses Zeitfenster kann genutzt werden, damit sich die Setzlinge am neuen Standort etablieren. Es gilt: Im Herbst lieber etwas später als zu früh pflanzen.
Etwa ab Mitte/Ende September kann mit der Pflanzung von Nadelbäumen wie Fichte Kiefer und Weißtanne begonnen werden. Für Baumarten wie Lärche, Küstentanne und Douglasie, die noch länger als die vorig genannten Nadelbäume im Trieb stehen, wird eigentlich eher die Frühjahrspflanzung empfohlen, da sie ihr Wachstum erst spät im Jahr abschließen. Diese Arten profitieren im Herbst von der Containerpflanzung, denn durch ihren Ballen haben Containerpflanzen den Vorteil, ausreichend mit Wasser und Nährstoffen versorgt zu sein. Ein solches Startpaket rettet die jungen Bäume über schwierige Zeiten hinweg und gleicht aus, wenn der Zeitpunkt nicht optimal gewählt worden sein sollte.
Laubbäume haben grundsätzlich ein noch kürzeres Fenster als Nadelbäume für die Herbstpflanzung. Für sie beginnt die Herbstpflanzung nach der Laubverfärbung, etwa Anfang November.
Gerade wurzelnackte Pflanzen sollten sehr behutsam behandelt werden. Ihre ungeschützten Wurzeln sich hochempfindlich und bloße Sonneneinstrahlung oder leichter Wind lassen das lebenswichtige Feinwurzelwerk innerhalb weniger Minuten absterben. Die Nutzung von Pflanztaschen beim Ausbringen und Pflanzsäcken oder Schattenfolie am Lagerort ist äußerst wichtig für den Erhalt von Vitalität und Wuchskraft.
Ist bekannt, dass der Standort von der Nährstoffversorgung nicht optimal für die jungen Pflanzen ist und Containerpflanzung sich aus verschiedenen Gründen nicht anbietet, kann über die Nutzung von Mykorrhiza nachgedacht werden. Das mit Pilzsporen versetzte Substrat wird bei der Pflanzung in den Boden geimpft oder alternativ werden Wurzeln vorher direkt mit Mykorrhiza behandelt. Die Sporen gehen eine Symbiose mit der Pflanze ein, vergrößern so die Oberfläche des Wurzelnetzes und erleichtern Wasser- und Nährstoffaufnahme erheblich.
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